Στο ΚΘΒΕ η Ελεάνα Απέργη συνεργάστηκε με μεγάλους σκηνοθέτες όπως ο Μίνως Βολανάκης, Κωστής Μιχαηλίδης, Σπύρος Ευαγγελάτος, Πέλος Κατσέλης, Κώστας Μπάκας, Κώστας Τσιάνος, Γιώργος Ρεμούνδος, Γιάννης Χουβαρδάς, Πάνος Παπαιωάννου, Γρηγόρης Μασαλάς, Γιαν Κάπλαν, Λάμπρος Κωστόπουλος, Διαγόρας Χρονόπουλος, συμμετέχοντας σε σπουδαία έργα.

Σημαντική ήταν η παρουσία της σε παραστάσεις αρχαίου δράματος του ΚΘΒΕ που έγραψαν ιστορία όπως: «Ηλέκτρα» του Σοφοκλή με την Άννα Συνοδινού (1975), «Μήδεια» του Ευριπίδη με την Μελίνα Μερκούρη, Ιάσονα τον Δημήτρη Παπαμιχαήλ και τροφό την Ελεάνα Απέργη (1976), «Μήδεια» του Σενέκα με την Αντιγόνη Βαλάκου (1979), «Ικέτιδες» του Αισχύλου (1983) «Ικέτισσες» του Ευριπίδη (1985) παίζοντας τρείς φορές στο Αρχαίο θέατρο της Επιδαύρου, στο Ηρώδειο, σε αρχαία θέατρα σε όλη την Ελλάδα καθώς και στην Κύπρο, την Βουλγαρία και την Σοβιετική Ένωση.

Η Ελεάνα Απέργη συνεργάστηκε με το ΚΘΒΕ σε είκοσι πέντε παραγωγές. Τελευταία της συνεργασία ήταν η παράσταση «Στέλλα Βιολάντη» του Γρηγορίου Ξενόπουλου, που παρουσιάστηκε σε σκηνοθεσία Κώστα Τσιάνου στο Βασιλικό Θέατρο το 1987.

Παράλληλα, δίδαξε για δώδεκα χρόνια στη Δραματική Σχολή του ΚΘΒΕ.